液相色譜儀系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。液相色譜儀主要系統分為進樣系統、輸液系統、分離系統、檢測系統和數據處理系統。主要來了解下這些系統的優點和特性。
    進樣系統：一般采用隔膜注射進樣器或高壓進樣間完成進樣操作，進樣量是恒定的。這對提高分析樣品的重復性是有益的。
    輸液系統：該系統包括高壓泵、流動相貯存器和梯度儀三部分。流速可調且穩定，當高壓流動相通過層析柱時，可降低樣品在柱中的擴散效應，可加快其在柱中的移動速度，這對提高分辨率、回收樣品、保持樣品的生物活性等都是有利的。流動相貯存器和梯度儀，可使流動相隨固定相和樣品的性質而改變，包括改變洗脫液的極性、離子強度、PH值，或改用競爭性抑制劑或變性劑等。
   分離系統：該系統包括色譜柱、連接管和恒溫器等。色譜柱由"優質不銹鋼或厚壁玻璃管或鈦合金等材料制成，固定相中的基質是由機械強度高的樹脂或硅膠構成，它們都有惰性、多孔性和比表面積大的特點，加之其表面經過機械涂漬，或者用化學法偶聯各種基因（如磷酸基、季胺基、羥甲基、苯基、氨基或各種長度碳鏈的烷基等）或配體的有機化合物。因此，這類固定相對結構不同的物質有良好的選擇性。